การเรียนในมหาวิทยาลัยนเรศวรนั้นจะใช้เวลาในการเรียนต่างกันตามแต่ละหลักสูตรในแต่ละคณะ โดยส่วนใหญ่แล้วจะใช้เวลาในการเรียน 4 ปี แต่สำหรับคณะแพทยศาสตร์ คณะทันตแพทยศาสตร์ คณะเภสัชศาสตร์​ และคณะสหเวชศาสตร์​ สาขาทัศนมาตรศาสตร์​ จะใช้เวลาเรียนทั้งหมด 6 ปี ส่วนคณะสถาปัตยกรรมศาสตร์และหลักสูตรคู่ขนานของคณะวิทยาศาสตร์การแพทย์ คณะสังคมศาสตร์ คณะวิทยาการจัดการและสารสนเทศศาสตร์ และคณะนิติศาสตร์ จะใช้เวลาเรียนทั้งหมด 5 ปี[27] นอกจากนี้ก็ยังมีกิจกรรมต่าง ๆ ให้นิสิตได้เข้าร่วมเพื่อที่จะได้พบปะและทำความรู้จักนิสิตในคณะอื่น ซึ่งมีการจัดหมุนเวียนกันตลอดทั้งปี

กิจกรรมและประเพณีของมหาวิทยาลัย

• พิธีพระราชทานปริญญาบัตรของมหาวิทยาลัย จัดขึ้นเป็นประจำทุกปีในช่วงระหว่างเดือนธันวาคมหรือเดือนมีนาคม โดยได้รับพระมหากรุณาธิคุณจากสมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี ทรงพระกรุณาโปรดเกล้าฯ เสด็จพระราชดำเนินแทนพระองค์มาทรงประกอบพิธีสำคัญต่าง ๆ ในกิจการของมหาวิทยาลัยนเรศวร
• รับน้องเฟรชชี่และบีกินนิ่งแคมป์ (Beginning Camp) กิจกรรมรับน้องใหม่ก่อนเปิดเรียนภาคการศึกษาที่ 1 สำหรับนิสิตใหม่ชั้นปีที่ 1 โดยจะจัดขึ้นเป็นเวลา 3 วัน 2 คืน เพื่อให้นิสิตใหม่รู้จักมหาวิทยาลัยมากขึ้นและให้ปรับตัวเข้ากับเพื่อนใหม่ รวมทั้งสร้างความสัมพันธ์ระหว่างน้อง-พี่

• กิจกรรมประชุมเชียร์ เป็นกิจกรรมที่จัดขึ้นในช่วง 3 สัปดาห์แรกของการเปิดเรียนภาคการศึกษาที่ 1 เพื่อเป็นการสร้างความสัมพันธ์และความสามัคคีของนิสิตชั้นปีที่ 1 และเป็นการสอนร้องเพลงมหาวิทยาลัยต่าง ๆ ให้แก่นิสิตชั้นปีที่ 1 ซึ่งภายหลังกิจกรรมประชุมเชียร์แล้ว แต่ละคณะมักจะให้มีการซ้อมการแสดงสแตนเชียร์ต่อเนื่องไปอีก 1 สัปดาห์ ก่อนการแข่งขันกีฬามหาวิทยาลัย โดยกิจกรรมประชุมเชียร์นี้จะจัดขึ้นในห้องเชียร์ ของแต่ละคณะ

• หนองอ้อเกมส์ กีฬาภายในของมหาวิทยาลัยนเรศวรที่จัดขึ้นเพื่อเชื่อมความสัมพันธ์ระหว่างนิสิตคณะต่าง ๆ ซึ่งนอกจากการแข่งขันกีฬาแล้ว ยังมีจุดที่น่าสนใจที่สุดของงานก็คือ การแสดงสแตนเชียร์ของแต่ละคณะ โดยจะจัดขึ้นในช่วงเดือนกรกฎาคม ของทุกปี

• งานเปิดโลกกิจกรรมและเฟรชชี่ ไนท์ (Freshy Night) กิจกรรมที่ให้นิสิตชั้นปีที่ 1 เลือกเข้าชมรมต่าง ๆ ของมหาวิทยาลัย ส่วนในตอนกลางคืนจะมีการแสดงดนตรี การแสดงของนิสิตแต่ละคณะ และการประกวดดาวและเดือนของมหาวิทยาลัย โดยจัดขึ้น ณ อาคารเอนกประสงค์

• "Power Cheer" งานร้องเพลงมหาวิทยาลัย ภาคภูมิใจนเรศวร เป็นการสร้างความสัมพันธ์อันดีระหว่างนิสิตรุ่นพี่และรุ่นน้อง ให้นิสิตใหม่เกิดความรักและภาคภูมิใจในสถาบัน โดยมีกิจกรรมการแสดงละครกลางแจ้ง ประกอบแสง สี เสียง เรื่อง สมเด็จพระนเรศวรมหาราช การแสดงประกอบจินตลีลา จากนั้นเป็นการร่วมกันร้องเพลงมหาวิทยาลัยประกอบการแปรอักษรอันแสดงถึงความสามัคคี และความภาคภูมิใจในมหาวิทยาลัยนเรศวร

• งานสัปดาห์วิทยาศาสตร์ จัดขึ้นในช่วงปลายเดือนสิงหาคม ของทุกปีในคณะต่าง ๆ ในกลุ่มวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี และกลุ่มวิทยาศาสตร์สุขภาพ ภายในงานจะมีนิทรรศการความรู้และกิจกรรมเสริมสร้างความรู้มากมาย

• งานลอยกระทง เทิดไท้องค์ราชันย์ มิ่งขวัญนเรศวร งานประเพณีลอยกระทงของมหาวิทยาลัยที่จัดขึ้นทุกปีในวันลอยกระทง โดยภายในงานจะมีขบวนแห่กระทงยักษ์ของแต่ละคณะ งานจัดร้านขายของและซุ้มเกมส์ของนิสิตแต่ละคณะ รวมทั้งงานแสดงมหรสพอีกมากมาย

• งานกีฬาเฮลธ์ไซนซ์ (Health Sciences Games) เป็นการแข่งขันกีฬาเชื่อมความสัมพันธ์ระหว่างคณะ ในกลุ่มวิทยาศาสตร์สุขภาพ 7 คณะ ได้แก่ คณะแพทยศาสตร์ คณะทันตแพทยศาสตร์ คณะเภสัชศาสตร์ คณะพยาบาลศาสตร์ คณะสหเวชศาสตร์ คณะสาธารณสุขศาสตร์ และคณะวิทยาศาสตร์การแพทย์ โดยจะจัดขึ้นในช่วงเดือนมกราคม ของทุกปี

• เอ็นยู วอยซ์ มิวสิก คอนเทสต์ (NU. Voice Music Contest) งานประกวดการขับร้องเพลงไทยสากลและเพลงสากลประจำปีของมหาวิทยาลัย โดยจะจัดขึ้นในช่วงเดือนธันวาคมหรือมกราคม ของทุกปี

• วงดนตรีลูกทุ่งมหาวิทยาลัยนเรศวร NU Band การแสดงความสามารถด้านการร้อง การเต้น และการเล่นดนตรี ของนิสิต/นักศึกษา จากระดับปริญญาตรีคณะต่าง ๆ ภายในมหาวิทยาลัย ซึ่งคัดเลือกนิสิต/นักศึกษาจากผู้มีความสามารถในระดับชั้นมัธยมศึกษา โดยจะพิจารณาจากด้านความสามารถพิเศษ ภายใต้ "โครงการผู้ที่มีความสามารถพิเศษทางด้านศิลปวัฒนธรรม (โครงการลูกพระฆเนศ)" และชมรมส่วนกลางของมหาวิทยาลัย เพื่อเข้าร่วมวงดนตรีลูกทุ่งมหาวิทยาลัยนเรศวร NU Band โดยวงดนตรีลูกทุ่งมหาวิทยาลัยนเรศวร NU Band ได้รับงานแสดงจากภายในและภายนอกมหาวิทยาลัย ทั้้งภาครัฐและภาคเอกชน หรือการแข่งขันระดับอุดมศึกษาเวทีต่าง ๆ
• ดาวรุ่งลูกทุ่งนเรศวร เป็นการแข่งขันประกวดวงดนตรีลูกทุ่งพร้อมหางเครื่อง ระดับมัธยมศึกษาและระดับอุดมศึกษา ซึ่งทีมที่ชนะการแข่งขันจะได้รับถ้วยรางวัลพระราชทานจาก สมเด็จพระกนิษฐาธิราชเจ้า กรมสมเด็จพระเทพรัตนราชสุดาฯ สยามบรมราชกุมารี พร้อมทุนการศึกษา โดยจะจัดขึ้นในช่วงเดือนกรกฎาคม ของทุกปี

นอกจากนี้ ยังมีกิจกรรมภายในของแต่ละคณะ และกิจกรรมระหว่างคณะของมหาวิทยาลัยต่าง ๆ ที่มหาวิทยาลัยนเรศวรได้เข้าร่วม ซึ่งส่วนใหญ่แล้วจะเป็นการแข่งขันกีฬาระหว่างมหาวิทยาลัย